RCTs arbejde i Afrika foregår i SADC-regionen (Southern African Development Community) i det sydlige Afrika og i Mano River-regionen i det vestlige Afrika.

I rehabiliteringen af torturoverlevere i Afrika bruges moderne behandlingsmetoder ofte sammen med traditionelle tilgange. Det kan for eksempel være rituelle genbegravelser af ofre for organiseret vold.

På et kontinent, der i årtier har været plaget af blodige konflikter, er der stort behov for både individuelle behandlinger og fællesskabsorienteret rehabilitering.

RCTs afrikanske partnere arbejder også med forebyggelse og fortalervirksomhed. Der satses især på støtte til ratificeringen af Tillægsprotokollen til FNs torturkonvention. Arbejdet indeholder også dokumentation af tortur og organiseret vold, og samtidig skabes større viden på området.

RCT samarbejder om at opbygge og udveksle viden med et netværk af organisationer, der arbejder med rehabilitering, healing i lokalsamfund og forebyggelse.

RCT har indgået længerevarende partnerskaber med:

Centre for the Study of Violence and Reconciliation (CSVR) i Sydafrika 

Centre of Development and Analysis (CEDSA) i Sierra Leone